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2025년 9월호
2025년 9월호한국에 등록되지 않은 특허에 대한 로열티에 대해서도 한국 국세청이 과세할 수 있다. 대법원 33년만에 판례 변경 (대법원 전원합의체 2021두59908 사건; 2025년 9월 18일 선고)
- 서론
대법원은 대한민국 기업이 미국 등 외국 기업에 지급한 특허 사용료에 대한 국내 과세권을 인정하는 전원합의체 판결을 내렸다. 한미 조세협약의 해석상 미국 법인이 한국내에서 등록하지 않은 특허권에 관해 지급받은 소득은 국내원천소득에 해당하지 않는다는 기존 법리를 뒤집은 최초의 판례이다.
이로써 1990년대부터 30년 넘게 이어져온 특허 과세권 논란에서 새로운 판례가 정립됐다. 앞으로는 우리나라 기업이 외국 기업의 특허를 국내에서 사용해도 국내 과세당국이 세금을 징수할 수 있다는 새로운 원칙이 확립된 것이다. 국세청은 현재 관련 법리로 진행되고 있는 '불복' 관련 세액만 4조원에 달해 그만큼 세수가 늘어날 것으로 내다봤다.
- 사건의 개요
반도체를 제조하는 SK하이닉스는 2011년 미국 A사로부터 특허침해소송을 당했다. SK하이닉스는 미국에서만 등록된 반도체 특허 40여 건을 사용하는 대신 5년간 매년 160만달러(약 22억원)를 A사에 지급하는 조건으로 합의 및 화해계약을 체결했다. SK하이닉스는 계약에 따라 A사에 특허 사용료를 지급하면서 SK하이닉스가 위치한 경기도 이천세무서에 225천달러(약 3억1000만원)의 원천징수분 법인세를 납부했다.
이후 SK하이닉스는 "한미 조세협약에 따라 이 사건 사용료는 국내 미등록 특허권에 대한 것이므로 과세 대상이 아니다"며 법인세 환급을 청구했다. 사용한 특허가 해외에만 등록됐을 뿐 국내에는 등록되지 않았기 때문에 국내원천소득이 아니어서 세금을 낼 필요가 없다는 취지다.
그러나 과세당국은 "특허가 대한민국에 등록되지 않았어도 국내에서 그 특허를 사용해 제조·판매했다면 세금을 내야 한다"며 경정 청구를 거부했다. SK하이닉스는 "해외 특허를 국내에서 쓴다고 과세하는 것은 이중 과세"라고 주장하면서 해당 처분의 취소를 구하는 이 사건 소송을 제기했다.
- 법원의 판결
1심과 2심 법원은 모두 국외 특허 사용료는 국내 원천징수 대상이 아니라며 원고 측 손을 들어줬다. 특허권은 등록된 국가 외에서는 침해될 수 없어 사용 대가를 지급한다는 것은 애초에 상정할 수 없다는 종전 대법원 판례에 따라 국내 미등록 특허권에 대한 이 사건 사용료는 한미 조세협약 등을 근거로 국내 과세 대상이 아니라는 취지다.
그런데, 3심인 대법원 전원합의체는 이 같은 판례를 33년 만에 뒤집었다. 국내에는 등록되지 않은 특허 기술이라도 국내에서 제조·판매 등에 사용하기 위한 대가라면 이는 국내원천소득에 해당한다는 판단이다. 대법원은 "이 사건 사용료가 단지 국내 미등록 특허권에 대한 것이라는 이유만으로 그 특허 기술이 국내에서 사실상 사용됐는지를 살피지 않고 곧바로 국내원천소득에 해당하지 않는다고 본 원심 판단에는 관련 법리를 오해해 필요한 심리를 다하지 않아 판결에 영향을 미친 잘못이 있다"고 밝혔다.
- 맺음말
국세청은 이번 대법원 판결에 따라서 국가 재정 확충 효과를 기대하고 있다. 한국 기업들의 특허 사용료 지급은 이후에도 계속되기 때문에 장기적으로는 수십억달러의 세수효과가 발생할 것이라고 말했다.
이번 대법원 판례 변경에 따라서, 앞으로 한국 기업과 특허 로열티 계약을 하는 경우에는 관련 세금의 납부 방법에 대하여 세심히 검토할 필요가 있다고 생각한다.
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